《藥師經》是《藥師琉璃光如來本願功德經》的簡稱，唐朝玄奘大師所翻譯。

主要說明藥師佛之名號國土，及其在因地行菩薩道時所發的十二大願。

藥師佛的十二大願，不只是關心一切眾生平等，究竟成佛的問題，更注意到殘廢、疾病、醫藥、 飲食、氣候冷 熱與國家社會等現世的問題，頗有建設人間淨土的現實感。

《藥師經》提到，若有人讀誦此經，恭敬供養，並且受持藥師琉璃光如來名號，即可得消災除難、福壽康寧、 所求如意等現世利益；亦可得轉生善道、往生淨土的後世利益；並且能得到十二藥叉大將的護衛，而安度 疾厄。

參加藥師法會，除了至誠懇切地祈求藥師佛的加被護念之外，更要效法藥師佛的大悲願行，利益一切眾生，如 此才能和藥師佛的本願功德相應。

〈藥師灌頂真言〉，它能使得眾生病苦消除，所求願滿。《藥師琉璃光如來本願功德經》經裏頭，這個咒是很 主要的。這部經這麼長，有的時候沒有那麼多時間來念。於是乎就找一個扼要的法門、短的法門，那麼就是誦 這個〈藥師灌頂真言〉。我們應該把這〈藥師咒〉常常地持誦。常持誦就一切的災難都消除，增長一切的善根 。